Untuk operasional penerbangan, sterilisasi dan kebersihan pesawat terus dilakukan serta ditingkatkan. Proses pembersihan pesawat meliputi aircraft interior exterior cleaning (AIEC), terdiri dari Aircraft Interior Cleaning (membersihkan bagian dalam pesawat) dan Aircraft Exterior Cleaning (membersihkan bagian luar pesawat).

Pengerjaan menyeluruh bagian pesawat, antara lain badan pesawat (fuselage) eksterior, ruang kemudi (cokpit), dapur (galley), bagasi kabin (compartement), dinding kabin, kursi awak pesawat dan penumpang, penggantian penutup sandaran kepala (head cover) di kursi, area kargo (bagian bawah pesawat), pintu dan jendela pesawat, karpet antai kabin, serta tangga menuju pesawat dan lainnya.

Batik Air tetap melakukan pengecekan kesehatan sebelum terbang kepada pilot, awak kabin dan teknisi yang bertugas. Pemeriksaan kesehatan sebelum penerbangan (pre-flight health check) sangat penting untuk menentukan kondisi sehat serta laik terbang (airworthy for flight), agar keselamatan dan keamanan penumpang selama dalam penerbangan terjamin