Selain itu, IPC memiliki 17 (tujuh belas) anak perusahaan dan perusahaan afiliasi yang terdiri atas PT Pelabuhan Tanjung Priok, PT Jakarta International Container Terminal, PT Pengembang Pelabuhan Indonesia, PT Indonesia Kendaraan Terminal, PT Energi Pelabuhan Indonesia, PT Integrasi Logistik Cipta Solusi, PT Jasa Peralatan Pelabuhan Indonesia, PT Pengerukan Indonesia, PT Electronic Data Interchange Indonesia, PT Terminal Petikemas Indonesia, PT Pendidikan Maritim dan Logistik Indonesia, PT IPC Terminal Petikemas, PT Rumah Sakit Pelabuhan, PT Multi Terminal Indonesia, PT Jasa Armada Indonesia Tbk., KSO TPK Koja serta PT Pelabuhan Indonesia Investama.